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WEGO老矣,要不要试试OSGO小鲜肉哈!

gene-denovo   2016-11-22

噔噔噔噔!OmicShare Tools又出新工具啦!是不是感觉好久没出新工具了?其实我们这段时间陆续推出了一些新工具,3D散点图线性回归图饼图SAMflag解读等工具,只是我们比较低调,没有大肆宣传而已~~欢迎大家去云平台感受下这些工具为你带来的便捷~~

 



这次我们隆重介绍的工具是OSGO,一款将一组或多组数据的GO二级分类注释绘制成柱状图的工具。画出来是下面这样子的图:




不知道你的心里有没有疑问:你们这个工具跟WEGO有什么区别呢?啊哈,必须有。WEGO的GO版本最新是到2009年10月的,那已经是7年前的数据库了:



而我们的OSGO提供了最新的几个GO版本号(还有今年11月1日版的),供用户自由选择。




另外,在结果展示方面,也更加贴近用户需求,可自定义图片参数、有动态的文件预览、可筛选的excel结果表。总之,功能强大,自主性强,是展示一组或多组数据的GO二级分类注释柱状图和进行结果筛选的最佳工具~~


OSGO的功能目的


1. 用图表直观展示一组数据的GO二级分类注释,如下图:




2. 比较两组或多组数据的GO二级分类注释情况,如下图是表达上调基因与表达下调基因的GO功能注释比较:




另外,也可以比较不同物种、不同实验处理组的基因的GO功能注释情况,因此可以进行多组数据的直观比较。


OSGO使用步骤


1

进入工具


登录OS Tools(www.omicshare.com/tools),在“软件库”的“高级工具”那里找到OSGO工具,点击进入。界面如下,初次使用可点击右边的“案例演示”查看参数说明。




2

输入数据文件


输入的数据文件为基因的GO注释表,第一列为基因ID,第二列之后为该基因的GO号,如下所示的格式:




要注意输入文件都不含表头,并且必须为"文本文件(制表符分隔)(*.txt)"格式。


有两种方式可以选择。


方式一:分别输入每组基因的GO注释表,并自定义组名。如表达上调基因和表达下调基因各一份文件,并定义组名为“up”和“down”。如需再增加多组文件,可点击“增加表格”。



方式二:输入所有基因的GO注释表,并输入分组文件。如输入一个包含up和down基因的GO注释总表。分组文件的格式为第一列是基因ID,第二列为组名。



3

参数设置


1.选择GO数据库版本:

GO数据库的版本是不断更新的,我们提供了最新的四种版本号,供用户根据自己的数据的GO注释版本来选择一致的版本号。


2.作图类型:

有两种类型,肩并肩式:




堆叠式:




3.右纵坐标(百分比):

表示某个GO条目包含的基因数占总基因数目的百分比。可选择显示或不显示。


4.左纵坐标取log10:

可选择是否对左纵坐标取log10。当不同GO条目所包含的基因数相差很大时,为了使GO二级分类图美观,可对左纵坐标取log10,放大小的数值,缩小大的数值。要注意如果选择的作图类型是“堆叠式”,则没有该选项,不能对左纵坐标取log10。


如上面“肩并肩式”的那个图如果取了log10就是下面这样子的:




5.自定义颜色:

可自定义每个组别(两组或以上时)或每个GO Ontology(只有一组时)的颜色。默认红、绿、蓝。也可手动选择颜色,选择好颜色后点击“添加该颜色”,可将颜色添加到图形中。注意颜色是按顺序排列的,可自由删除不要的颜色。




6.背景样式:

即GO二级分类图的背景样式。有三种样式可供选择:范围型、条形和无背景。范围型表示背景有颜色,条形表示根据纵坐标显示水平线。


4

提交任务、查看结果


输入数据文件和设置好参数后,就可以提交任务,坐等结果啦!任务也是秉承OS Tools优良传统,瞬间完成!


点击“文件预览”,可查看柱状图。点击其中的柱子,该柱子表示的GO一级分类、二级分类、所包含的基因数目和基因ID都会显示在右边。还可以下载svg和png格式的图片,是不是很方便的说~~


结果文件夹里还有一个所有GO二级注释条目总表all.GO.level2.stat.xls。第一列为GO一级注释ID,第二列为GO一级注释名,第三列为GO二级注释ID,第四列为GO二级注释名,第五列为第一组注释为该GO条目的基因数,第六列为第二组注释为该GO条目的基因数,第七列为第一组注释为该GO条目的基因ID,第八列为第二组注释为该GO条目的基因ID。



这个表方便老师查找基因。


看完这个教程,是不是感觉OSGO很简单方便呢?有了这个OSGO工具,从此想做哪些基因的GO注释柱状图都可以啦!


现在就登录OmicShare云平台(www.omicshare.com/tools)试用OSGO工具吧~


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( 版权归本文原作者所有,不代表本站支持作者观点,2016年11月22日。阅读原文 )
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