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如何在NCBI上调取细菌基因组的特定序列?

gene-denovo   2017-01-06

NCBI上面有些物种,常见的比如细菌,有完整的参考基因组,但是我们要调取它基因组上某一段特定的基因序列怎么操作呢?


首先有人想到直接在搜索栏里面搜索,输入该细菌拉丁名和对应的基因名称,不是就可以查找到该菌的该基因序列了吗? 答案不一定!




下面我以细菌Exiguobacterium sp. U13-1为例演示。




如上图显示该菌有完整的参考基因组,现在需查找该菌的16s rDNA基因序列。如果我们直接在搜索栏查找 “Exiguobacterium sp. U13-1 16s rDNA”得到的结果是这样:




没有用啊,如果输入 “Exiguobacterium sp. 16s rDNA”如下:




我们点开,就这样:




18个结果,但是我要找的是Exiguobacterium sp. U13-1。U13-1这个菌株系的呢?木有啊!木有看到U13-1,蓝瘦,香菇。也就是说这样搜到的序列都是Exiguobacterium sp.零散的作者单独上传的16s rDNA序列,非某个菌完整参考基因组上的16s rDNA序列。


那我们怎么办?我们这样来找。



搜索到这个菌Exiguobacterium sp. U13-1的参考基因组后,点击:




接着出现页面,点击RefSeq



然后整个基因组的注释页面都出来了,要留意右边。




好了,这时候按住Ctrl+F网页查找“16s”。

就发现了惊喜……



注意筛选,我们要找的是product="16S ribosomal RNA"。不是其他东西,比如 product="16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase",就直接忽略。


然后其实可以找到6个16S ribosomal RNA,这里以上图那个为例说明,注意前面有该基因的位置信息437867..439436,即在参考基因组上多少bp到多少bp是这个16S ribosomal RNA基因序列;然后我们回到网页上面。




在这里对应位置选择输入位置信息,updata view。新网页中有这段序列的单独注释信息。




那序列信息呢?不急,我们回到新网页的上面,点FASTA




接着就出现了我们想要的东西。




Exiguobacterium sp. U13-1该菌株的16s rDNA 序列之一(前面说到了,共有6个,在基因组上不同地方)。

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( 版权归本文原作者所有,不代表本站支持作者观点,2017年01月06日。阅读原文 )
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