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微生物测序版块上线!

基迪奥生物   2017-01-10

高通量测序年代的微生物研究主要分为单菌研究以及群落研究,其中单菌研究的主要手段有基因组测序以及原核转录组测序,群落研究手段则主要分为16S/18S/ITS多样性测序、宏基因组测序和宏转录组测序(图1)。


随着这些高通量核酸测序技术的日益成熟,研究者在应用这些技术完成项目的同时,也必定会迎来更多的难题。Omicshare项目组专门为此整理了一些平台的微生物功能,从而让大家全面认识Omicshare平台为微生物研究带来哪些便利。



图1 微生物研究的高通量测序技术


1

Omicshare交流功能——微生物讨论板块


学术交流是科学进步的重要手段。为了解答这些日益增长的学术问题,基迪奥开发的Omicshare免费平台在2017年创建了一个全新专题板块——微生物测序。板块专门为广大微生物研究者提供与项目设计、实验技术、编程技术、项目问题解答、基础知识相关的资料共享与讨论的平台,共同探讨实验和分析中遇到的技术难题,与大家一起交流进步,推动科学发展。



图2 微生物测序专题板块开通


2

Omicshare学习功能——微生物线上课堂


学习,是科学进步的重要保障。为了让更多微生物研究爱好者能够了解到专业的技术知识,Omicshare的在线交流平台最近开始专门为大家提供微生物研究相关的课堂内容。在课堂上,我们不但有基迪奥的专业人员定期讲解微生物研究领域的最新科研动态以及相关基础知识,同时还在论坛当中,提供可下载的课堂课件以及录制视频便于大家在线播放与交流分享。


例如,在最近两期的微生物专题当中,我们就和大家一起探讨了“微生物多组学应用”(图3)以及“群落研究beta多样性的排序分析手段”等微生物组学研究中比较关注的问题,得到广大用户的肯定。



图3 微生物多组学研究思路与进展交流


3

Omicshare使用功能——云平台工具


实践,才能使科学真正发生进步。如果说理论与交流都是纸上谈兵的话,那么OS tools就为微生物研究带来实践。Omicshare的云平台为各种组学研究提供多项免费工具,其中适用于微生物研究的有PCA等群落研究工具、用于群落组成研究的动态层级饼图分析工具(图4)、常用于样本间差异OTU或者物种研究的韦恩图分析工具等。这些工具开发的初衷都是为了让科研更为便利,因此我们也会在日后开发更多的如差异检验、NMDS等种微生物常用分析工具,让科研实践有更多可能性与选择性。


图4 微生物动态层级饼图


4

更多期待?


无论Omicshare的哪种功能,我们都需要开发人员以及各位科研人员的配合。你们的使用是对我们工作的肯定,你们的建议是对我们工作的改进。因此我们在后期的维护与开发当中,会尽量参考大家的想法,以为大家带来更专业知识分享和更方便的新型在线工具。

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这是一个生信交流、组学共享的开放平台,

我们梦想在未来,

OmicShare能助你达到更高的科研领域!


( 版权归本文原作者所有,不代表本站支持作者观点,2017年01月10日。阅读原文 )
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本文作者介绍
基迪奥生物
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